北宋东京的医学界对医学理论也有许多研究。医学界对五运六气的变化进行理论上的探讨，使运气学说颇为流行。《圣济总录》前数卷就大量论述运气与治疗疾病的关系。运气学说还作为医学教育的必修课并为考试医生的内容之一。
　　《内经》的病机学说，在宋代得到新的阐发和运用。钱乙运用病机学说论述了儿科病理的特点。《难经》经过丁德用、虞庶、杨康候、王惟一等人的注释，使古代的脉法和针法更易为后人所掌握。最早注解《伤寒论》的成无己，对《伤寒论》发挥较多的朱肱都曾在东京活动。宋代不少著作中注意到了环境卫生和个人卫生对预防疾病的重要性。《圣济总录》中云："人之一身无尺寸之肤不爱，无尺寸之肤不养，食饮不可以不节，起居不可以不常"。宋徽宗赵佶撰《圣济经》10卷42章，对《内经》中有关阴阳、运气、摄生、脏象、经络、病机等医理进行了论述，阐发了阴阳适平、精神内守的摄生理论。
　　明代开封人李濂（1488～1566年），著《医史》十卷，辑录自《左传》、《史记》以下至《元史》中所载名医列传55人。又采集诸家文集所载宋以后医家10人，并补写了张仲景、王叔和、王冰等医家传记，共录明代以前名医72人的传记。每传之下附有论述，该书于明代正德十年(1515年)刊行，对医学史的研究有一定贡献。其他医史著作有明代郑谊著《续医说》、《方法考》，明代朱睦挈著《医史》四卷。
　　明清时期，温病学说逐步发展并形成完整体系，它独立于伤寒学说之外，又与之互为补充，丰富了祖国医学对外感热病的理论、诊断和防治手段。近代开封医家在继续研究阐发伤寒学说的同时，注重对温病学说的研究和运用。在伤寒学说研究方面，民国22年（1933年）陈松坪在《河南国医分馆月刊》（创刊号）上，发表《伤寒原因治疗法》一文，将中医所称之"伤寒"与西医所称之"伤寒"（肠伤寒）加以区别。陈氏将中医伤寒六经辨证施治称为"根本原因治疗法"。引《内经》"人之伤于寒者，则为病热"的论述加以阐发，反复强调辨证施治的重要意义。王合三是近代深究伤寒学说的又一医家，尤对太阳篇剖析最详，多次为中医学校、中医进修班讲授《伤寒论》。曾著《伤寒求实》、《金匮要略注释》等，以新观点解释古义，深得医界名流好评。清末民初，虽有西方医学传入开封，但力量单薄，技术水平不高。加之药品缺乏，价格昂贵，因此，中医对防治传染病在开封的流行仍发挥着主要作用。许多医生认真研究和运用温病学说，以善治瘟症时疫而深受病人好评，常有"感谢良医"的告白见诸报端。当时的《开封简报》、《嵩岳日报》，以及河南公共卫生会所发卫生宣传品中，还不断刊登由中草药组成的防疫方、避瘟方。白喉是当时流行较多、危害最烈的传染病之一，不少医家用中医药疗法取得显著效果，并在理论上加以阐发。陈松坪的《白喉初起捷治要言（附引征麻杏石甘汤治愈白喉验案）》和《白喉肿溃急治要言（附生石膏为喉症要药续论）》，以及周伟呈的《传染病》（白喉部分）。认为：对于喉症，不应单从现象划分繁琐名目，主张"综其官能（即气化）病理之究竟，""作握要之归纳"，主张在白喉初起未溃表闭热郁之时，急用麻杏石甘汤透表清热，使其肿胀，莫不立消，故谓之"捷治"，并引恽铁樵氏验案为证。陈氏还将此方推广应用于猩红热初起表闭热郁者，亦获捷效。至于白喉已溃，陈氏主张用仲景苦酒汤，并对制法加以改进。周伟呈则按证候表现和病因病机的不同，将白喉分甲、乙、丙三型辨证施治，并外吹家传八宝散，间行针刺放血，取得良效，列有验案数例。周伟呈还著有《新新时病论》、《温病新解》等，对温病学说加以阐发。
　　"中西医汇通"是清末至民国时期医学理论研究上的重要思潮。近代西方医学传入中国后，部分中医界人士接受了一些西医知识，为探讨发展中国医学的道路，力图汇通中西医学术，逐步形成了"中西医汇通派"。不少开封医家在这一学术潮流和中西医汇通派著名医家唐容川、恽铁樵、张锡纯等的影响下，也在中西医汇通的道路上进行探讨。如陈松坪认为："中西医术不同，天下之理则一。惟中医讲气化，西医重形迹。……尺有所短，寸有所长。中医学理，虽足驾乎西医之上，而西医配制，亦实有辅助中医之功，关系密切，汇通，允宜。"陈氏以大量的论述和病案举例，批驳认为中医"不科学"的谬论。反对"用他邦科学之新法，改造中国之医药"。与其同时，也有人提出用西医学说对中医理论加以"补充"、"厘正"，使中医科学化的主张。
　　所谓"中医科学化"的思想，直到建国后仍有一定影响。如50年代的中医进修班，就着重讲解西医课程。1955年后，逐步贯彻党的中医政策，认为中医"不科学"，中西医互相排斥、互相贬低的思想，得到逐步克服。在临床诊治中，中西医互相学习，团结合作，发挥双方优势，取得显著效果。但对于如何对待中西医两种不同的理论体系，中医学要不要独立发展，如何发展的问题，却始终在探索之中。中共十一届三中全会后，重申了党的中医政策，提出了"中医、西医、中西医结合三支力量都要大力发展，长期并存"的方针。进一步明确了要在继承的基础上发展，在发展中继承，既保持自身特色，又吸收现代科学多学科之长，发展中医学术的指导思想。
　　建国后，对中医基本理论的研究作了不少工作。张文甫曾著《内经知要一见解》（建国初期石印版）、《五运六气》；武明钦著有《黄帝内经素问选释》，对《内经》理论进行阐发。连介一对《伤寒论》有较系统的研究。50～60年代曾为本市中医学徒、中医学习班通讲《伤寒论》，对伤寒学说的源流，《伤寒论》的学术渊源及其在中医理论体系中的地位，伤寒六经辨证施治的基本规律，都有详细而深刻的论述。白锡纯早年从学于李毓亭、周伟呈，以治温热病擅长。强调温邪化热最速，病之初起，即需考虑到气分实热证的迅速出现，用药不可被动。白氏重视脾胃和气化，并注意清养胃阴。武明钦将伤寒、温病、瘟疫的证因脉治纵横联系、互相渗透，融为一体，著成《伤寒、温病、瘟疫证治要诀》。
　　张文甫曾著《伤寒析义》，又于1965年著成《新编火疫论》，为防治当时在开封流行的布鲁氏菌病。张氏结合自己的临床经验，并引经析义，从理论上加以探讨。根据该病的病因、发病季节和证候特点，证之经论，将其归于"火疫"。张氏论证了伤寒、温病、温之与疫的本质区别。根据疠气致病的一般规律和火疫的特点，自制清解定中汤，清其邪热，解其伏结，通里达表，为治火疫初起主方，应用历验。
　　运用多学科知识研究中医学理论，发展中医学术，是80年代以来的新趋向。原市三院中医科何保义，从70年代末开始，探讨用数理方法研究中医理论。从《河图》、《洛书》对阴阳五行学说的数学描述，脏象、经络理论的数理说明，到症状的量化、辨证论治的智能形式向运算形式的转换，都进行了探讨，为应用电子计算机模拟中医辨证论治打下了理论和技术基础。1979年引进北京中医院关幼波教授的《肝病治疗程序》，1980年正式应用电子计算机进行诊断治疗。后又引进清华大学所编的《急腹症诊疗程序》，以中医、中西医结合诊疗的内容，自行设计了肾系疾病、胸痹、发热三个程序。中医学辨论论治应用电子计算机进行模拟和研究，有利于继承发扬名老中医和医学专家的临床经验，有利于提高诊疗技术，提高诊断符合率，选择较优的治疗方案，促进中医学的整体观念和辨证论治思想向系统论的方向发展，为中医理论和临床医学研究开辟了新的途径。