清康熙四十四年（1705），全县境内有13条河流经过：一是黄河，流经丁家道口北，达徐州；二是贾鲁河，在城西北20公里；三是沁河，在城西北17公里，源出绵山；四是清河，俗称清河嘴，即贾鲁河入沁处；五是潦河，在城西北20公里；六是白河，在城东17公里；七是汴河，在城南25公里，源出荥阳县大石山；八是马肠河，在城西南12公里；九是新河，在城南；十是沙河，在旧城南门处，源出汴，入亳；十一是团阳河，在城西南9公里；十二是元明河，在城南2公里；十三是陨石河，在城北。以上13条河，除黄河改道已不在县境外，其余12条河由于黄水泛滥，早已淤成平地。
　　新中国建立后，境内有河流、沟洫47条。其中出口流域面积大于100平方公里的骨干河流11条，即黄河故道主干、朱刘沟、包河、东沙河、杨大河、蔡河、大沙河、清水河、陈两河、古宋河、洮河；出口流域面积为31至100平方公里的干河支流17条，即乔郑沟、丰民沟、太平沟、太平支沟、洪河、芦河、小白河、清水河老道、罗沟、大坡河、忠民河、康林沟、陈良河、北安民沟、南安民沟、进水沟、大坡沟；出口流域面积为10至30平方公里的沟洫19条。
　　河流趋向，一般自西北流向东南，而引黄（水）灌溉渠道乃根据地形之利开挖，东西、南北流向均有。按现有河道归宿，可划分为4个水系，即涡河水系；惠济河水系；沱、浍河水系；南泗湖水系。
　　一、涡河水系　涡河水系包括大沙河、清水河、陈两河、古宋河等16条沟河。大沙河，流经县境南部，是涡河一大支流，发源于民权县断堤头村东北角坡洼地，经宁陵、商丘、鹿邑，至亳州北关汇入涡河，全长119公里，流域面积1246平方公里。该河流域范围西临惠济河流域，北靠黄河故道，以黄河故道右堤为分水岭，东与包河、杨大河接壤。大沙河从宁陵县后贾楼村东南进入本县，经临河店乡、郭村乡、毛堌堆乡、路河乡、李口乡、高辛乡、包公庙乡南入鹿邑县境。本县境内流长45．42公里，流域面积725．4平方公里。大沙河在境内流域面积大于100平方公里的支流有清水河、古宋河自左岸汇入；流域面积大于30平方公里的支流有罗沟、北安民沟、南安民沟和近水沟从右岸汇入。
　　清水河，发源于民权县车站东，农场沟以南，东南行经宁陵县的罗岗、城关、乔楼、陈刘庄流人本县境内，又东南经王花铺、孔庄、郭村、前后黎楼、党郭庄至小双楼东入大沙河，全长50余公里。宁陵县于1957年对该河上游进行治理后，至乔大庄改道向南到张老庄东与黄荣排水沟相会，南流汇入大沙河，称上清水河；下游自宁陵东前李集起至大沙河口，流长21．6公里为下清水河，境内河长18．1公里，流域面积82平方公里。
　　陈两河，是一条古河流，原名称陈梁沙河。《归德府志》记：陈梁沙河在府城西自宁陵界入商丘境起迤东南入鹿邑大河止，计长120里，是商丘县境内主要干河之一。陈两河为清水河左岸的最大支流，位于古宋河与清水河之间，发源于民权小张庄南，东南行经宁陵县东北部，自商丘县西部后董楼南入境，流经观堂、郭村乡，在郭村西北入下清水河。全长42．5公里，流域面积122．9平方公里，境内流长12．33公里，流域面积29平方公里。
　　古宋河发源于民权县睢州坝，东南流至皇甫三楼入宁陵县境，自程楼西南穿过陇海铁路，于赵村东南入商丘县境，经王楼乡至商丘县城西绕环城路自西向东，自南关北刘庄桥折而南行，沿商、沈公路经赵口集、李口集，至河里湾东南汇入大沙河。全长73．2公里，流域面积412平方公里，境内长40．2公里，流域面积291．6平方公里。沿河两岸有田落沟、大坡河、忠民沟、郑庄沟、下营沟、坡沙河、陈良河7条支流汇入。
　　杨大河、洪芦河、蔡河、小白河、洮河等河道也属涡河水系。
　　二、惠济河水系　太平沟，位于县境西南部，系惠济河左岸重要支流之一，源于宁陵县程楼乡朱庄西北角，东南流经商丘、周口两地区的宁陵、商丘、柘城、鹿邑四个县，于鹿邑县境内的高口集西汇入惠济河，全长59．5公里，流域面积295平方公里。
　　太平支沟，位于商丘县西南部，发源两处，右支从宁陵县楚庄乡孟路口村南起，至邓楼西南流入商丘县；左支自本县勒马乡王庄西北起，东南流经陈老家，二支汇流于柘城县境入太平沟。全长11公里，流域面积35平方公里。
　　三、沱、浍河水系　东沙河，位于县境以北，是浍河上游的最大支流，源于本县李庄乡潘口集东，东南流经商丘市、虞城、夏邑、永城。至永城县大王集西注入浍河，全长104公里，流域面积394平方公里，境内河长36公里，流域面积110平方公里。包河，位于县境北部，是浍河的最大支流，源于本县谢集乡黄河故道南侧张祠堂村，东南流经谢集、李庄、双八、商丘市区、平台乡西部，至周家路口集东南入虞城县，又经亳县境于卧龙乡流入永城县境，再东南流经安徽省涡阳县境，至睢溪县临涣集南注入浍河。全长175公里，总流域面积1090平方公里，境内河长38．6公里，流域面积119平方公里。包河在本县境内有支流小汪河、张楼沟从左岸赵千庄西南注入本干。
　　四、南泗湖水系　黄河故道，从民权坝窝流经宁陵、商丘、虞城入安徽砀山境。黄河故道商丘县部分在县境北部，东西流向，与山东省曹县以河心为界，它的南堤在本县境内，长31公里，平均高出地面10米，基宽平均50米，顶宽平均12米。堤内是黄河夹带泥沙冲积而成的废黄河高滩地，人民群众迁居于此，繁衍生息，开荒种地，形成了现在的堤北村庄。
　　黄河故道自民权县后张贡庄东北流入商丘县境，经孙福集、李庄、道口、刘口4个乡，境内河长40公里，流域面积为134平方公里。
　　朱刘沟，位于县境北部黄河故道高滩地上，源出民权县王庄寨乡王子树村西，沿故道南堤北坡洼地东南流，经宁陵县境至杨洼村西进入商丘县境，流经谢集乡的三里村、宋庄，孙福集乡的冯庄、潘刘庄，至张坝子村东北入黄河故道本干，全长31．75公里，流域面积137．8平方公里，境内长16．8公里，流域面积52平方公里。
　　乔郑沟，位于县境西北部，黄河故道高滩地上，源出民权县王庄寨乡乔集村东，东南流至大徐庄入商丘县境，穿过孙福集乡中部至刘李坑村东入朱刘沟，全长12．3公里，流域面积32．3平方公里，境内长8．8公里，流域面积27平方公里。